应用程序的编译与安装¶

应用程序一般有两种方式发布：

二进制方式：用户无需编译，只要解压缩后设置相关环境变量等即可。如Gaussian [1]，国内用户只能购买到已经编译好的二进制可执行文件，有些国家和地区能购买到源代码。
源代码方式：
- 用户需要自己编译，并且可以按照需要修改编译参数以编译成最适合自己的可执行程序，之后再设置环境变量等使用，如VASP [2]。
- 源代码编译时经常用到的编译命令为make，编译配置文件为，请查看make命令用法及文件说明。

应用程序一般都有官方的安装说明，建议在安装前，首先仔细查看一下，比如到其主页或者查看解压缩后的目录中的类似：install*、readme*等文件。

二进制程序的安装¶

以二进制方式发布的程序，安装相对简单，一般只要解压缩后设置好环境变量即可，以Gaussian09为例：

将压缩包复制到某个地方，如
解压缩：tar xvf gaussian09.tar.gz [3]
设置环境变量：修改 ~/.bashrc ，添加：

##Add for g09
export g09root="/opt"
export GAUSS_SCRDIR="/tmp"
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
##End for g09

刷新环境设置： . ~/.bashrc 或重新登录下。

源代码程序的安装¶

以源代码发布的程序安装相对复杂，需了解所采用的编译环境，并对配置等做相应修改（主要修改编译命令、库、头文件等编译参数等）。以VASP为例：

解压缩文件：
- tar xvf vasp.5.lib.tar.gz
- tar xvf vasp.5.2.tar.gz
查看说明：install、readme文件等，VASP解压后的目录中未含有，可以参见上述主页文档安装。
生成默认配置文件：./configure。
- VASP不需要./configure命令生成，而是提供了几个针对不同系统和编译器的makefile模板，可以复制成
- 其它程序也许需要./configure生成所需要的，在运行./configure之前，一般可以运行./configure -h查看其选项。如对Open MPI 1.6.4，可以运行以下命令生成：
  
  F77=ifort FC=ifort CC=icc CXX=icpc ./configure --prefix=/opt/openmpi-1.6.4
  
  其中：
  - F77：编译Fortran77源文件的编译器命令
  - FC：编译Fortran90源文件的编译器命令
  - CC：编译C源文件的编译器命令
  - CXX：编译C++源文件的编译器命令
  - –prefix：安装到的目录前缀
  另外一些在Makefile中常见变量为：
  - CPP：预处理参数
  - CLAGS：C程序编译参数
  - CXXFLAGS：C程序编译参数
  - F90：编译Fortran90及以后源文件的编译器命令
  - FFLAGS：Fortran编译参数
  - OFLAG：优化参数
  - INCLUDE：头文件参数
  - LIB：库文件参数
  - LINK：链接参数
修改文件配置，设定编译环境等：
- 对做如下修改：
  - 设定编译Fortran的编译器命令为Intel Fortran编译器命令：FC=ifort
- 对做如下修改：
  - 设定BLAS库使用Intel MKL中的BLAS：BLAS=-mkl [4]
  - 打开FFT3D支持：去掉FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o前的# [5]
  - 设定MPI Fortran编译器为Intel MPI编译器：FC=mpiifort
编译：make
- 先在目录中执行make
- 如未出错，则再在目录中执行make
安装：make install。VASP不需要，有些程序需要执行此步。
设置环境变量：比如在中设置安装后的可执行程序目录在环境变量PATH中：

export PATH=$PATH:/opt/vasp.5.2